Die erste Kirche wurde vermutlich schon bald nach der Gründung des Ortes im 13. Jahrhundert erbaut. Sie war 17 Ellen kürzer und 2 Ellen niedriger und schmaler (Sächsische Elle: 2 Fuß = 0,57 m) als die Heutige. „Gar eng und klein“, sowie auch ziemlich dunkel. Eine Sakristei und ein Vorhaus waren angebaut. Der Altarraum war gewölbt, mit Schindel war das Dach gedeckt. Der Altar von 1520 hat die Form eines Flügelaltars und ist wahrscheinlich das Werk eines Freiberger Meisters. Im linken Flügel ist die heilige Katharina zu sehen, die durch das Schwert umgekommen ist. Im Mittelschrein stehen die folgenden geschnitzten vielfarbigen Figuren: der heilige Martin, der mit dem Schwert seinen Mantel teilt, die Jungfrau Maria mit dem Christkind und die heilige Anna selbdritt. Im rechten Flügel findet sich die Figur der
heiligen Barbara. 1529 wurde der noch jetzt in der Kirche stehende, aus Sandstein gefertigte Taufstein aufgestellt. Er ist mit einem seltenen Blattmuster verziert.

Im Jahr 1674 wurde beschlossen, diese Kirche durch einen Neubau zu ersetzen. Zum Ablauf der Bauarbeiten steht in der Ortschronik Folgendes: „Mittwochs nach Ostern 1674 wurde das Gotteshaus nebst Herabnehmung der Glocken ganz abgetragen und eingerissen und hernachmals neuer Grund gelegt mit einer Länge von 37 ¾ Ellen und einer Breite von 17 ¼ Ellen und dann die Mauer umb und umb 2 Ellen höher als die der alten Kirche gewesen und 2 Ellen dick, aufgeführet. Der neue Grund ward gelegt am 30. April, das Dach und der Turm gehoben den 13. Juli, die Glocken wieder uffgehangen den 1. August, hieruff das Dach mit Ziegeln behangen“. Am Tage der Kirchweihung, den 12. Oktober 1674, fand der erste Gottesdienst in der neuen Kirche statt.

Ein besonderes historisches Erbe ist das spätgotische Rundbogenportal, das wohl noch aus dem ersten Kirchengebäude stammt. Das über 350 Jahre alte Bauwerk erfuhr im Laufe der Jahrhunderte viele Renovierungen. So wurde 1892, 1922 und 1952 das Geläut erneuert. 1996/97 erfolgte eine Dachreparatur. Im März 2003 wurde die alte, verschlissene Orgel aus dem 19. Jahrhundert abgebaut. Die Ruppendorfer Kirche erhielt die ehemalige Orgel aus der Kreuzkirche in Dresden. Im Jahr 2017 wurden der Turmaufbau und die Dacheindeckung erneuert. Die Kirche steht seit 1968 unter Denkmalschutz. Sie ist neben der Ruine der Wasserburg ein Wahrzeichen von Ruppendorf.