Im Jahre 1557 diente Pfarrer Nagler in Ruppendorf als ev.-luth. Pfarrer, damit gab es eine eigene Kirchgemeinde. Zum damaligen Pfarrgut gehörten eine sächsische Hufe, etwa 19,9 Hektar landwirtschaftliche Nutzfläche, ein kleiner Pfarrwald sowie zwei Pferde oder Zugochsen.

Das Kirchspiel von Ruppendorf durchlebte die Schrecken des Dreißigjährigen Krieges besonders intensiv im Herbst 1632, als die Soldaten des kaiserlichen Obristen zerstörerisch in der Gemeinde wüteten. Ein ähnliches Schicksal ereilte die Einwohner 1639 durch die Schweden. Bis auf die Kirche, das Küsterhaus und drei andere Häuser, wurde Ruppendorf fast vollständig niedergebrannt. Ebenfalls fiel fast das gesamte Beerwalde sowie Paulshain den Flammen zum Opfer. Das Pfarrgut selbst lag zwischen 1631 und 1653 wüst, bevor es zwischen 1653 und 1657 aus Fachwerk, mit Lehmwänden und mit Stroh gedeckt, aufgebaut wurde.

Das Wohnhaus ist Mitte des 19. Jahrhunderts erneuert wurden, die Scheune aber steht heute noch in ihrer um 1660 wiederhergestellten Form. Sie ist heute somit über 360 Jahre alt und gehört damit zu den ältesten Gebäuden Ruppendorfs. Seit 1982 wird die Pfarrstelle Ruppendorf vom Höckendorfer Pfarrer mit verwaltet. Im Pfarrhaus wohnt seitdem der Gemeindepädagoge, welcher für die Kinder- und Jugendarbeit in der Region zuständig ist. Im Jahr 1992 wurden das Pfarrhaus modernisiert und die Gemeinderäume erweitert.